Фармацијата во Северна Македонија ги поврзува византиската, манастирската, османлиската и балканската медицинска традиција. Билните лекови и трговците со дроги им претходеле на постојаните аптеки во Скопје, Битола и другите трговски центри.
Образованието, лиценцирањето и фармакопеите постепено ја претвориле аптекарската дејност во регулирана здравствена професија. Денес системот вклучува државна регулатива, Фармацевтската комора и широка мрежа приватни аптеки.