Apotekarstvo u Bosni i Hercegovini razvijalo se iz više tradicija. Biljno liječenje, vakufske ustanove i osmanska urbana medicina susreli su se s uređenim evropskim modelom apoteke koji se proširio u austrougarskom razdoblju.
Školovani farmaceuti, farmakopeje i nadzor pretvorili su apoteku u posebnu zdravstvenu ustanovu. Univerzitetsko obrazovanje i industrijski lijekovi kasnije su promijenili svakodnevni rad, ali su izrada pripravaka i savjetovanje ostali važni.
Danas propise donose različiti nivoi vlasti, pa se organizacija apotekarstva razlikuje između entiteta, distrikta i kantona.